三峡工程具有巨大的防洪效益，可以使荆江河段的防洪标准，由十年一遇提高到百年一遇，即使遇到类似1870年的特大洪水，也可避免发生毁灭性灾害。这样就可以有效地减免洪水灾害对长江中游富庶的江汉平原和洞庭湖区的生态与环境的严重破坏。最重要的是可以避免人口的大量伤亡，避免京广、汉丹铁路干线中断或不能正常运行而造成的生活和生产环境的恶化，避免疾病流行、传染病蔓延，避免洪灾带来的饥荒、救灾赈济和灾民安置等一系列社会问题；可减免洪灾对人们心理上造成的威胁；有利于中、下游血吸虫病的防治；减缓洞庭湖淤积速度，延长湖泊寿命；还可改善中下游枯水期的水质。

三峡水电站每年发电847亿千瓦时，与火电相比，少燃烧5000万吨原煤，可以有效地减少对周围环境的污染，具有巨大的环境效益。每年可少排放1000万吨二氧化碳，100万吨二氧化硫，1万吨一氧化碳，37万吨氨氧化合物，以及大量的废水、废渣；可减轻因有害气体的排放而引起的酸雨的危害。

三峡工程还可使长江中下游枯水季节的流量显著增大，有利于珍稀动物白暨豚及其它渔类安全越冬，减免因水浅而发生的意外死亡事故；还有利于减少长江口盐水上溯长度和人侵时间，减少上海市区人民吃“咸水”的时间。

总之，三峡工程的生态环境效益是巨大的，但还应加强三峡工程对生态与环境影响的研究和监测，对不利影响采取妥善对策和措施加以减免。