三峡工程建库后，直接受淹没影响的陆生植物物种有120科、358属、560种。其中绝大部分在未受淹没影响的地区广为分布。因此，不致于造成物种的灭绝。其中有三种珍稀植物必须妥为保护。

1）荷叶铁线蕨

我国近年来在重庆市中部发现的珍稀草本植物。它既是我国二级保护植物，又是库区特产植物。断续分布在东起万州区、西至石柱县西沱区沿江近100千米长，向两岸纵深3～5千米的狭长地带内，海拔高程局限于80～430米之间，但在海拔170～250米之间较为集中。本变种是荷叶铁线蔗科最原始类型，在亚洲大陆仅存于此，它与大西洋亚速尔群岛产的肾叶铁线蕨同属一个种群。因此，它在研究植物区系、地理分布及亲缘关系等方面有重大价值；全草还有清热解毒、利尿通淋的药用价值；植株形态别致，可供观赏。

万州新乡、小论山和杉树坪一带是荷叶铁线蕨分布集中区域，面积约25平方千米。拟在万州新乡三道河村建立一个2平方千米的物种保护点。保护点内禁止采挖，同时采用分枝或孢子繁殖，进行人工栽培。

2）疏花水柏枝

是三峡峡谷地带特有植物，种源数量极少，分布狭窄，是我国的稀有种，已列入国家级保护对象。对该属植物区系、分类及地理分布有科学研究价值。树形美观，有潜在观赏价值；幼嫩枝叶可供火药。

疏花水柏枝仅分布在秭归、巴东、巫山县的长江两岸，海拔高程在200米上下幅度内。保护点选在秭归县一集中200多株树木的产地。保护点内禁止采挖，研究采用多种繁殖手段扩大种源数量。

3）川明参

是我国特有植物，仅此一种，多年生草本，根供药用，为名贵药材。在四川温江、达县地区虽已大量栽培，但夷陵区莲沱是野生种原产地，分布在海拔高程140米上下的页岩风化石缝中，野生种已极稀少。该地区位于三峡水库下游，虽不受淹没影响，但在修建对外公路或其它设施时有可能遭受毁灭，所以保护点就设在夷陵区莲沱，以加强对该种原产地的保护。保护点内禁止采挖，尽量恢复川明参野生产地的原来面貌。

以上三种珍稀植物，中科院武汉植物研究所已在湖北省秭归县泗溪珍稀植物繁育基地成功繁殖和栽培。